La Direttiva Habitat 92/46/CEE prevede che i Siti di Importanza Comunitaria (SIC) siano dotati di adeguate Misure di Conservazione e successivamente siano designati da parte degli Stati come Zone Speciali di Conservazione (ZSC) e Zone di Protezione Speciale (ZPS).
Per quanto riguarda il territorio di competenza della Comunità Montana Alta Valtellina sono stati individuati i seguenti siti:
Siti SIC - Ente gestore Ersaf-Parco Nazionale dello Stelvio
- Val Viera e Cime di Fopel in Comune di Livigno
- Motto di Livigno e Val Saliente in Comune di Livigno
- Valle Alpisella in Comune di Livigno
- Cime di Plator e Monte Scale in Comune di Valdidentro
- Val di Fraele in Comune di Valdidentro
- Valle del Braulio e Cresta della Reit in Comune di Bormio
- Val Zebrù - Gran Zebrù - Monte Confinale in Comune di Valfurva
- Valle e ghiacciaio dei Forni - Val Cedec - Gran Zebrù - Cevedale in Comune di Valfruva
Siti ZSC - Ente gestore Provincia di Sondrio
- Val Federia in Comune di Livigno
- Valle della Forcola in Comune di Livigno
- La Vallaccia - Pizzo Filone in Comune di Livigno
- Passo e Monte di Foscagno in Comune di Livigno
- Monte Vago - Val di Campo - Val Nera in Comune di Livigno
- Val Viola Bormina - Ghiacciaio di Cima Piazzi in Comune di Valdidentro
Siti ZSC e ZPS - Ente Gestore Comunità Montana Alta Valtellina
Siti ZPS - Ente gestore Ersaf-Parco Nazionale dello Stelvio